統率が乱れた部隊のことと、風邪の初期症状とかけて、その心は?

どちらも「たいちょう」が悪いでしょう。

【解説】

どちらも「たいちょう」が悪いという共通点があります。「隊長」(部隊の指揮官)と「体調」(身体の調子)という同音異義語を使った言葉遊びです。